Если у вас при учёте оплаченных и израсходованных средств образовалась разница в несколько копеек, то знайте, что:

Внутри системы акты рассчитываются с точностью до 4х знаков. Например, при цене 100 рублей на 3 месяца, будут 3 акта на 33,3333 рубля. При этом после округления они выглядят как 3 акта на 33,33, и в сумме получается 99 рублей и 99 копеек (это пример).

Такая неточность допустима в учете и каких-то специальных мер не требует, вы можете списать её как допустимую неточность учета.

Обоснования допустимости такой неточности многочисленны, т.к. её необходимость очевидна, примером может служить это, Приказ Минфина России от 29.07.1998 N 34н (ред. от 11.04.2018) "Об утверждении Положения по ведению бухгалтерского учета и бухгалтерской отчетности в Российской Федерации" (Зарегистрировано в Минюсте России 27.08.1998 N 1598), Пункт 25. Бухгалтерский учет имущества, обязательств и хозяйственных операций допускается вести в суммах, округленных до целых рублей. Возникающие при этом суммовые разницы относятся на финансовые результаты у коммерческой организации или увеличение доходов (уменьшение расходов) у некоммерческой организации.