Если у вас при учёте оплаченных и израсходованных средств образовалась разница в несколько копеек, то вот почему это произошло.

Внутри системы акты рассчитываются с точностью до 4х знаков. Например, при цене 100 рублей на 3 месяца, будут 3 акта на 33,3333 рубля. При этом после округления на печати они выглядят как 3 акта на 33,33, потому то указать в акте дробные копейки невозможно.

В наших актах сверок и в нашем учете суммирование производится по актам, взятым с точностью до четырех знаков, с тем чтобы наш учет точно отражал полное исполнение обязательств по договору. В данном примере сумма таких актов по сверке будет ровно 100 рублей, как и должна быть.

Если суммировать суммы отдельных актов, взятых с точностью до копеек, сумма будет отличаться - она будет равна 99.99. С этим ничего нельзя поделать.

Такие расхождения допустимы в учете и каких-то специальных мер не требует, вы можете списать их как допустимую неточность учета или просто игнорировать.

Обоснования допустимости такой неточности многочисленны, т.к. её необходимость очевидна, примером может служить, например, это -

Приказ Минфина России от 29.07.1998 N 34н (ред. от 11.04.2018) "Об утверждении Положения по ведению бухгалтерского учета и бухгалтерской отчетности в Российской Федерации" (Зарегистрировано в Минюсте России 27.08.1998 N 1598),

Пункт 25. Бухгалтерский учет имущества, обязательств и хозяйственных операций допускается вести в суммах, округленных до целых рублей. Возникающие при этом суммовые разницы относятся на финансовые результаты у коммерческой организации или увеличение доходов (уменьшение расходов) у некоммерческой организации.